Die häufigste Ursache für schweren Vitamin-B12-Mangel ist die perniziöse Anämie (Autoimmun-Gastritis): Durch die Bildung von Autoimmun-Antikörpern kommt es zur Zerstörung der Parietalzellen im
Magen und zu einem Mangel an Intrinsic Factor. Die perniziöse Anämie muss lebenslang behandelt werden, andere Ursachen lassen sich leichter beheben.
Die Immunantwort ist auch gegen die H+/K+-ATP-ase im Mangen gerichtet; so kommt es zur Achlorhydrie (Fehlen von Magensaft im Magen). Häufig vergesellschaft sind damit andere Autoimmunerkrankungen, insbesondere Schilddrüsenleiden, Typ-1-Diabetes und Vitiligo. Ob H.pylori eine kausale Rolle spielt, ist unklar. Die Autoimmun-Gastritis kann früh Eisen-Malabsorption verursachen und schließlich zur Vitamin-B12-Malabsorption führen. DIe perniziöse Anämie tritt in jeder Altersgruppe auf, doch liegt der mediane Altersbereich bei 70 bis 80 Jahren.
Die Prävalenz beträgt bei älteren Personen mit europäischen Vorfahren 4%. Leichtere Formen mit Hypochlorhydrie und Unfähigkeit, an Nahrungsproteine gebundenes Vitamin B12 freizusetzen, betreffen bis zu 20% der älteren Erwachsenen.
Zu den Ursachen schwerer Malabsorption von Vitamin B12 zählen neben perniziöser Anämie u. a. eine Gastrektomie, bariatrische OPs, Ileum-Resektion oder Organrekonstruktion mit Ileumteilen, entzündliche Darmerkrankungen, tropische Sprue und weitere Syndrome. Eine leichte Malabsorption kann durch unzureichende Aufnahme von Nahrungsprotein-gebundenem Vitamin B12 verursacht sein, durch leichte atrophische Gastritis, Einnahme von Metformin oder Magensäure-blockierenden Medikamenten. Vitamin-B12-Mangel kann auch durch vegane oder vegetarische Kost oder fleisch- und milchproduktarme Ernährung entstehen.
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